公积金与社保由不同公司缴纳时，以下特殊或例外情形会影响处理：
1、非全日制用工下的社保与公积金差异：根据《社会保险法》，非全日制从业人员可个人缴纳养老和医疗保险，用人单位仅为其缴工伤保险。若员工与A公司是劳动关系（非全日制），A公司缴工伤保险，员工以灵活就业身份缴养老和医疗，公积金由B公司（全日制劳动关系）缴纳，此时社保中的工伤保险与公积金主体不同合法，但需确保非全日制关系真实且A公司已缴工伤保险，否则可能被认定为社保不全。
2、地方政策禁止跨主体缴纳：部分地区为征管便利或防代缴，明确要求社保公积金由同一用人单位缴纳。如某省社保局与公积金中心联合发文规定“企业职工社保及公积金须由建立劳动关系的用人单位统一申报缴纳，不得第三方或分主体代缴”。若当地有此类规定，跨公司缴纳会因违反政策被认定无效，需整改至同一公司，否则面临补缴、罚款。
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公积金与社保由不同公司缴纳时，需避免以下常见错误：
1、轻信“挂靠代缴”却不核实资质：部分人通过非正规中介或“空壳公司”挂靠社保公积金，未核实对方是否具备人力资源服务许可证等资质。一旦挂靠方卷款跑路或未实际缴费，不仅会导致断缴，还可能因虚构劳动关系面临法律风险，甚至影响社保待遇或公积金贷款。
2、未明确劳动关系却分别缴费：未与社保、公积金缴纳公司签订劳动合同或建立实际劳动关系，仅私下协议由两家公司分别缴费，可能被认定为虚构缴费主体，违反《社会保险法》中社保基于劳动关系缴纳的规定，社保局或公积金中心可不予认可缴费，甚至要求退回费用。
3、忽视政策变动持续跨公司缴纳：部分地区政策可能调整，如原本允许不同公司缴纳，后出台新规要求主体一致。若未及时关注，继续跨公司缴纳可能因不符合新政策导致断缴、补缴或整改，影响正常使用。
若已采取上述错误操作或担心自身缴纳方式问题，建议尽快咨询我，我会为您提供详细解答，助您及时纠正错误，维护合法权益。
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公积金与社保由不同公司缴纳的合法性，可依据相关法律法规分析：
《中华人民共和国社会保险法》第五十八条（2018年修正版）规定：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。”该条款明确社保缴纳主体通常为用人单位或灵活就业个人。
《住房公积金管理条例》第十五条（2019年修订版）规定：“单位录用职工的，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。”此条款规范了公积金的缴存登记主体为录用职工的单位。
结合“公积金与社保非同一公司缴纳”的情况，法律未绝对禁止不同主体缴纳，但需满足：社保缴纳主体应为建立劳动关系的用人单位或符合条件的灵活就业个人；公积金缴纳主体应为录用职工的单位或经政策允许的代缴主体。若当地政策无禁止性规定，且缴费主体均合法合规，则该行为在法律上允许。结论：只要符合当地政策及上述法律条款的主体要求，公积金与社保可由不同公司缴纳。
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公积金与社保由不同公司缴纳是可行的，但需符合当地具体政策规定。以下从不同情况详细解释：
若当地政策明确允许社保与公积金由不同单位缴纳（如部分地区允许用人单位为员工缴社保，员工通过第三方或灵活就业身份缴公积金），且双方单位具备合法缴费资质并符合政策要求，这种缴纳方式是可行的。
若单位委托第三方机构代缴社保或公积金，需确保第三方机构拥有人力资源服务许可证等合法资质，且单位、第三方机构与员工之间签订明确代缴协议，约定权利义务，避免因委托关系不清晰导致缴费主体认定纠纷。
若员工同时与两家单位存在劳动关系（如非全日制用工），根据《社会保险法》，职工基本养老和医疗保险由用人单位和职工共同缴纳，但实践中社保通常由一家单位为主缴纳；公积金是否可由两家单位分别缴纳，需依据当地公积金管理中心的特殊规定，部分地区允许非全日制用工单位分别缴存公积金。

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